Sejarah MA Salafiyah, di mulai pada berdirinya Pesantren Salafiyah yang diprakarsai oleh KH. Ahmad Nasochah pada tahun 1922. Kegiatan sehari-hari di Pesantren Salafiyah adalah mengaji dan tidak jarang menjadi benteng dari para penjajah dan perongrong NKRI.

KH. Ahmad Nasichah yang dibantu oleh menantunya KH. Fathurrohman serta pembantu- pembantu yang lain. KH. Hasyim Abdillah, KH. Nurchamid, KH. Affandi , KH. Ali Siddiq, K. Nasichin, K. Basiran kemudian mendirikan madrasah dengan tujuan sistem Talibul Ilmi secara klasikal. Kegiatan di madrasah adalah mempelajari kitab-kitab pesantren atau yang sering dikenal kitab kuning.

Seiring berkembangnya zaman, KH. Fathurrohman memasukkan pelajaran formal ke dalam madrasah, dengan maksud Sekolah karo ngaji (Sekolah dan Mengaji), sehingga ada perpaduan antara pelajaran Nasional yang bersifat formal dan kitab kuning yang bersifat non formal.

Pemikiran KH. Fathurrohman menjadi terobosan baru di lingkugan salafiyah sehingga perlu mendirikan madrasah yang berkelanjutan secara wajib 6 Tahun mulai dari kelas 7 MTs sampai kelas 12 MA.

MA Salafiyah Wonoyoso adalah madrasah pertama di Kebumen sekaligus menjadi bangungan  pertama di lingkungan Pesantren “Salafiyah “ yang didirikan pada akhir bulan Syawal 1370 H atau  Agustus 1951 dengan bentuk bangunan panggung yang terbuat dari kayu. Dan telah direnovasi pada tahun 2010 dari dana Alokasi Umum Pemerintah Pusat dan swadaya masyarakat.  Dan tahun 2019 dari dana DIPA Kementrian Agama Indonesia, terletak di Dusun Wonoyoso Desa Bumirejo Kecamatan Kebumen. Madrasah ini berada di daerah kota dan tidak jauh dari jalan raya.(H3/Itn)